基于TCGA数据库乳腺癌lncRNA的分析研究

目的:通过分析癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中乳腺癌和癌旁组织的lncRNA,研究lncRNA对乳腺癌发生发展的影响。方法:从TCGA数据库中下载乳腺癌lncRNA表达RNAseq数据,对乳腺癌患者的lncRNA进行差异表达分析,对得出的差异表达lncRNA进一步行生存分析,得到与乳腺癌有明显差异表达同时也对生存有相关性的lncRNA。另外,对mRNA、miRNA行差异表达分析,对得到的构建lncRNA-miRNA-mRNA相关ceRNA调控网,再对生存相关lncRNA所相关的mRNA进一步行靶基因预测和功能分析,并进一步构建蛋白质互作网络。结果:共发现了713个差异表达的lncRNA,表达上调的有546个,表达下调的有167个,lncRNA ADAMTS9-AS1与乳腺癌患者生存明显相关。其中共有215个差异表达的miRNA,有上调miRNA 150个,下调miRNA 65个。共有6457个差异表达的mRNA,上调mRNA 4154个,下调mRNA 2303个。lncRNA ADAMTS9-AS1调控网中的mRNA在Transcriptional misregulation in cancer、MAPK signaling pathway、Pathways in cancer、FoxO signaling pathway、Melanoma、Melanogenesis,五条KEGG通路中明显富集。结论:TCGA数据库显示lncRNA ADAMTS9-AS1与乳腺癌患者生存明显呈正相关。在乳腺癌患者中lncRNA ADAMTS9-AS1表达降低,乳腺癌的发生发展中miR-145、miR-454、miR-144、miR-96、miR-155、miR-21、miR-301b参与lncRNA ADAMTS9-AS1调控网,在多种信号转导通路中发挥作用。