口蹄疫病毒非结构蛋白3B的生物信息学分析

为详细了解口蹄疫病毒( Foot-and-mouth disease virus,FMDV)非结构蛋白 3B 的基本结构与功能,试验采用生物信息学方法研究了非结构蛋白 3B 的一般理化性质、亲疏水性、跨膜区、信号肽、糖基化位点、磷酸化位点、二级结构、三级结构、潜在的抗原表位,并对该蛋白进行了多重序列比对。结果表明:在 NCBI 数据库中检索到 39 个中国上传的口蹄疫病毒非结构蛋白 3B 序列,其中从新疆地区获得的分离株 1 株( Akesu /58),属于O型毒株,非结构蛋白 3B 具有 71 个氨基酸,分子式为 C356H596N98O93 S1,相对分子质量为 7 769. 31,等电点为 10. 11,带负电荷氨基酸残基总数为6个,带正电荷氨基酸残基总数为 16 个,不稳定指数为 28. 67;亲水性平均系数为-0. 731,无跨膜区,无信号肽;无糖基化位点,该蛋白在氨基酸序列第 26 位和第 50 位各存在 1 个酪氨酸磷酸化位点;二级结构延伸链占所有氨基酸比例的 23. 94%,β-折叠占所有氨基酸比例的 4. 23%,无规则卷曲占所有氨基酸比例的 71. 83%;三级结构蛋白覆盖率只有 28%,可信度为 10%;非结构蛋白 3B 有 3 个抗原决定簇,具有 6 个优势的 B 细胞抗原表位,4个优势的 CD8+抗原表位,1 个强结合多肽段和 14 个弱结合多肽段的 CD4+抗原表位;非结构蛋白 3B 与 NCBI 公布的中国O型、A型和Asia1型血清型核苷酸序列同源性分别为 94. 24%、91. 55%和 97. 48%,氨基酸序列同源性分别为 97. 29%、92. 96%、98. 49%。说明非结构蛋白 3B 基因编码的蛋白质为亲水性蛋白,结构较为松散,同源性高,且具有保守的抗原决定簇,可作为区分疫苗接种和自然感染抗体诊断方法的候选蛋白靶标。