如何处理不动产重复登记发证历史遗留问题

案情1989年12月,某市医药经营有限公司(以下简称医药公司)从市房屋经营公司购买了一处房产,办理登记手续后取得了房屋所有权证(第00630号),证载建筑面积为81平方米,占地面积40平方米。居民王某租住的一间市政府直管公有住房(以下简称诉争房产)与上述房产相邻,该房屋占地7平方米,自1972年以来一直由王某占有使用和缴纳租金。1994年,市政府推行住房制度改革,王某向市房屋经营公司申请购买诉争房产,经审核批准后,王某于1994年9月向市土地房屋管理局缴纳了5000元购房款,登记机构于同年10月为其颁发了诉争房产的所有权证(第45191号)。