2014年龙岩市手足口病患者CVA10病毒基因特征分析

目的了解2014年龙岩市手足口病病例中分离到的CVA10病毒VP1区基因特征。方法 2014年共收集221份采用实时荧光RT-PCR法判定为其他EV的HFMD患者样本,经RD细胞分离培养后,再次进行特异性核酸检测。通过引物486-489进行肠道病毒A组完整的VP1序列分段扩增,采用ClustalX2、Mega6.0进行核苷酸及氨基酸序列同源性分析和构建进化树。结果通过测序获得3株CVA10完整的VP1区基因序列,通过分析计算,LY2014116与LY2014163氨基酸相似性为100%,3株分离株与原型株Kowalik(AF081300)的核苷酸(nt)同源性均为76%,氨基酸(aa)同源性为89%-90%。结论 3株分离株均位于进化树D亚型的同一分支上,与国内其他地方分离的D亚型流行株亲缘关系较近,与俄罗斯、法国等地分离的病毒差异较大。