附有部分违建房屋,合法部分可否转移?

附有部分违建的房屋,合法部分转移登记如何办理?转移登记不到现场,如何知道有违建?是不是部分房产超出土地界线。让登记部门不要转移登记,我没找到全国性的法律依据。但看少数地方有这种规定和做法。