MDCK细胞的长链非编码RNA的验证及靶基因预测

MDCK细胞(Madin-Daby Canine Kidney Cells)由于其病毒感染效率高、增殖快,且不易变异等特点,被认为是三种适合流感病毒复制的细胞系之一,但因为MDCK细胞具有成瘤性,用它作为病毒复制的底物用于流感疫苗生产仍有争议。本研究中,根据lncRNA-Seq,在结果中随机选择6个lncRNA,运用实时荧光定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR),获得这些基因在高成瘤MDCK-W73,低成瘤MDCK-C35和MDCK-C09细胞株中的相对表达量。结果表明,提取的总RNA纯度高,完整性好。各基因在不同成瘤性细胞中的表达具有差异性,且qRT-PCR与lncRNASeq的差异性表达相一致。此外,运用顺式(cis)作用方式预测了lncRNA的靶基因,共获得63个cis作用靶基因,为后续的试验奠定了良好的基础。