龙头鱼ISSR-PCR多态性引物最佳退火温度的筛选

Screening of optimum annealing temperature for ISSR-PCR polymorphism primers in Harpadon nehereus

为了开展龙头鱼遗传多样性和近缘物种间的遗传变异分析,建立龙头鱼的简单序列重复区间标记(inter-simple sequence repeat,简称ISSR)-PCR反应体系,拟筛选龙头鱼ISSR-PCR多态性引物的最佳退火温度。参考加拿大哥伦比亚大学(UBC)公布的100条ISSR引物,采用温度梯度PCR的方法,得到适用于龙头鱼基因组DNA扩增的12条ISSR分子标记引物,分别为811、834、836、840、841、842、844、853、873、880、881、899。12条引物中,最高退火温度为58.9℃,最低退火温度为47℃,两者间的差异达到了11.9℃。12条引物的变异系数为7.71%,相关系数为0.23。结果表明,龙头鱼ISSR多态性引物的最佳退火温度与理论退火温度间没有显著相关性,同一种引物的退火温度在不同物种中也存在一定的差异,需要通过温度梯度试验进行具体分析。