两种新型鸭源Megrivirus的检测

为了了解鸭源微RNA病毒的一个新病毒种Duck Megrivirus(DMV)在重庆市鸭群中的感染及变异情况,试验采用RT-PCR技术,应用DMV基因组3CD序列特异性引物,对重庆市6个地区的活禽粪便样品进行分子检测,并使用CLUSTAL W、MEGA 5.0软件对阳性样品序列进行同源性分析和遗传进化树的构建。结果表明:从60份活禽粪便样品中检出17份阳性样品,阳性率为28%(17/60),17份阳性样品的扩增产物均为DMV的283 bp 3CD序列。基于序列同源性分析,可将17株DMV分为3类,其中A类有15株病毒,与已知的DMV核苷酸序列同源性为96%~100%;B类有1株病毒(DMV-2/CN/Chongqing-8/2016),与已知的DMV核苷酸序列同源性为88%;C类有1株病毒(DMV-3/CN/Chongqing-10/2016),与已知的DMV核苷酸序列同源性为86%。对B类和C类这2株新型DMV(DMV-2/CN/Chongqing-8/2016和DMV-3/CN/Chongqing-10/2016)的氨基酸序列进行遗传进化分析,2株DMV均聚在Megrivirus属,与鸭源Megrivirus和鹅源Megrivirus形成一个分支,这个分支与Megrivirus属其他4个种存在差异。说明重庆市鸭群中存在DMV感染,且检测出2株新型DMV,属于DMV-2型和DMV-3型。