阿尔茨海默病小鼠海马组织差异表达miRNA-687的生物信息学分析

目的应用生物信息学方法探讨阿尔茨海默病(AD)小鼠海马组织差异表达的microRNA,为阐明其发病机制提供新线索。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共数据平台GEO下载基因芯片数据集GSE48028,使用在线分析工具GEO2R筛选出正常小鼠与AD小鼠海马组织差异表达的microRNA,利用TargetScan靶基因预测工具和miRDB在线靶基因预测网站预测miRNA-687的靶基因,并进行富集分析(GO)和通路分析(KEGG),利用STRING在线分析网站和Cytoscape软件进行靶基因调控蛋白的互作网络分析并计算网络节点,找出关键靶基因。结果筛选出12个差异表达的microRNA,其中8个下调,4个上调。以miRNA-687为靶点,预测得到其交集靶基因172个。GO发现大多集中在投射神经元等区域,主要参与了RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、凋亡过程等生物学过程。KEGG发现其参与了PI3K-Akt信号通路等多条信号通路。STRING在线分析网站和Cytoscape软件分析显示Pten、Met等8个靶基因在蛋白质互作网络中起关键作用,是受miRNA-687调节的关键基因。结论采用生物信息学方法能够有效分析AD小鼠差异表达的microRNA,其中miRNA-687研究极少,表明其可能是AD发生的研究新靶点。