正常和低品质中华绒螯蟹肠道菌群结构的比较分析

Comparative analysis of intestinal flora structure between normal and low quality Chinese mitten crab Eriocheir sinensis

为探讨正常与低品质中华绒螯蟹的肠道菌群结构差异,采用高通量测序技术,测定细菌16S rDNA V3 V5区基因序列,通过生物信息学方法,分析比较肠道菌群结构和多样性以及可培养菌群结构的特点。结果表明,中华绒螯蟹正常组(NG)肠道中绝对优势菌群为厚壁菌门(93.54%),而其他门的丰度均很低(2.81%以下),其中以厚壁菌门的乳球菌属丰度最高(86.00%);低品质组(LG)以厚壁菌门(62.60%)、变形菌门(22.42%)、拟杆菌门(5.74%)和软壁菌门(5.69%)为主,其中以厚壁菌门的尚无属名的ZOR0006(46.20%)和变形菌门的Caedibacteraceae uncultured(21.33%)丰度最为优势,厚壁菌门的乳卵属(5.81%)和乳球菌属(4.63%)以及软壁菌门的Candidatus Bacilloplasma属(5.26%)丰度较高。低品质组肠道中与营养代谢和生长相关的厚壁菌门显著降低和拟杆菌门显著增加,通过提高肠道中厚壁菌门和减少拟杆菌门丰度从而降低两门间的丰度比,有望减少低品质河蟹的出现。可培养菌群的分析,正常培养组(NCG)绝对优势菌群为变形菌门(95.86%),其中以变形菌门的柠檬酸杆菌属(61.40%)和气单胞菌属(31.67%)为主,同样低品质培养组(LCG)类似于正常培养组,绝对优势菌群也为变形菌门(99.91%),以柠檬酸杆菌属(50.02%)和气单胞菌属(36.16%)为主,但这2属在正常组和低品质组肠道中丰度很低,分别在0.01%~0.19%范围内,表明这2属在培养基上极易培养,生长繁殖快,但在肠道中生长繁殖可能受到高丰度其他菌群的抑制作用,而处于低丰度状态。研究结果可为调节低品质中华绒螯蟹肠道菌群结构和制定减少低品质中华绒螯蟹措施提供理论依据。