基于分子对接从天然产物中虚拟筛选HPPD先导化合物

Virtual screening of HPPD lead compounds from natural products based on molecular docking

对羟基苯丙酮酸双加氧酶(p-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase,简称HPPD)作为一种化学除草剂的重要靶标酶已引起越来越多的关注。基于分子对接技术,以HPPD靶蛋白为受体,通过研究配体与受体的结合模式,以商品化除草剂吡草酮为阳性对照,对课题组从天然植物透骨草和紫花苜蓿中分离得到的41个化合物进行虚拟筛选,根据对接得分以及分析结合模式得出10个对靶标活性位点具有较好潜在抑制活性的化合物,同时,分数高于吡草酮的化合物4′-氧-(赤型-β-愈创木脂甘油基)醚、4′-氧-(苏型-β-愈创木脂甘油基)醚和(3R)-7-羟基-2′,4′,5′-三甲氧基-异黄烷-7-氧-β-D-葡萄糖苷不仅可以完全嵌入HPPD活性囊中,且存在与吡草酮相似的氨基酸残基作用以及氢键和π-π堆积等作用。上述结果对设计新型高效的HPPD抑制除草剂具有重要的指导意义,也为使用计算技术开发新型HPPD抑制剂除草剂提供了重要参考。