ALKBH1在肝癌中的预后价值和作用机制的生物信息学分析

背景与目的ALKBH1是重要的RNA 5-甲基胞嘧啶(m^(5)C)、3-甲基胞嘧啶(m^(3)C)和1-甲基腺嘌呤(m1A)去甲基化酶之一。目前,其在泛癌中的表达情况和预后价值尚未有系统性的研究。本研究旨在明确ALKBH1基因在泛癌中的表达情况及与患者预后的相关性,并探讨ALKBH1在肝癌发生、发展中的相关功能及可能机制。方法利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据分析ALKBH1在泛癌中的表达差异情况,并通过Kaplan-Meier和Cox回归法分析ALKBH1与各种肿瘤临床预后的相关性。聚焦ALKBH1在肝癌中的促癌机制,将TCGA肝癌队列分成ALKBH1表达高、低两组,对差异基因进行基因本体(Gene Ontology,GO)富集、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路分析、基因集变异分析(Gene Set Variation Analysis,GSVA)和肿瘤免疫细胞浸润评估(Tumor Immune Estimation Resource,TIMER)分析。最后使用cBioPortal、DNMIVD、StarBase数据库分析ALKBH1在肝癌中表达上调的原因。结果TCGA数据分析显示,ALKBH1在多种肿瘤组织中显著高表达,特别是肝癌。生存分析结果显示ALKBH1高表达与肝癌的预后不良相关(P<0.05)。基因富集与功能分析显示ALKBH1高表达肝癌组织的免疫反应和细胞周期相关通路显著富集,且免疫细胞浸润增加。ALKBH1在肝癌中表达上调与基因拷贝数变化和启动子甲基化无关,miR-122-5p和miR-33b-5p在肝癌组织中表达下调,且与ALKBH1表达负相关,可能是肝癌中ALKBH1表达上调的主要原因。结论受miR-122-5p和miR-33b-5p共同调控的ALKBH1可能参与肝癌的发生和发展,ALKBH1在肝癌组织中高表达可作为患者预后不良的分子标志物。ALKBH1可通过调控细胞周期和免疫细胞浸润促进肝癌发生和发展,有望成为肝癌的潜在治疗靶标。