基于GEO数据库的IgA肾病的关键差异基因分析

目的:基于GEO数据库初步挖掘、分析探讨IgA肾病的差异基因,为治疗IgA肾病提供新的靶点。方法:在GEO数据库中检索有关IgA肾病的相关芯片,根据样本数量及芯片类型,筛选出符合条件的芯片,借助R语言软件筛选出符合条件的差异基因,构建蛋白质-蛋白质相互作用关系网络(PPI),利用Cytoscape软件与R语言软件对差异基因进行拓扑分析,找出核心基因,并利用后者对差异基因进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果:检索GEO数据库确定序列号为GSE93798的芯片,利用R语言分析筛选出417个差异基因,通过String数据库构建PPI网络,利用Cytoscape软件与R语言软件拓扑分析得到20个核心基因;通过R语言软件对差异基因进行GO富集分析得出差异基因主要是通过细胞外基质结构组成、长链脂肪酸转运蛋白活性、有机酸结合、羧酸结合等途径表达的,KEGG信号通路则主要富集在PPAR信号通路、色氨酸代谢信号通路、精氨酸和脯氨酸代谢信号通路和由叶酸构成的碳池信号通路上。结论:利用生物信息学相关知识分析GEO数据库的原始基因芯片数据,可以获得芯片的内在生物学信息,通过多靶点、多通路途径挖掘IgA肾病可能存在的发病机制,为日后研究治疗该病提供合理思路与理论依据。