RET/RAS/BRAF基因驱动甲状腺乳头状癌共表达关键基因的生物信息学分析

目的应用生物信息学方法分析RET/RAS/BRAF基因驱动甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)的共表达关键基因。方法从GEO下载数据集GSE58545,利用在线分析GEO2R工具筛选差异表达基因,通过韦恩图交集寻找共表达基因,应用GO、KEGG、Matascape等数据库分析共表达基因的功能及通路,应用Cytoscape软件和STRING网络明确关键基因,应用Oncomine数据库分析关键基因的表达,应用Ualcan数据库验证TCGA数据库中关键基因在PTC中的表达趋势及临床病理联系,在HPA数据库确认关键基因编码蛋白在PTC中的表达。结果KEGG、Canonical、Reactome通路分析筛选出来的34个RET/RAS/BRAF基因驱动PTC的共表达基因,分别与转录失调、p53蛋白调控免疫球蛋白死亡结构域、MET信号转导事件有关,从中挖掘出10个关键基因:MET、DPP4、ENTPD1、MUC1、SPINT1、BHLHE40、CLDN1、GALNT7、TGFA、TYMS,进一步由Oncomine和Ualcan数据库的临床病理资料证实关键基因mRNA的表达均显著高于正常组织(P<0.01),除了ENTPD1、TGFA、TYMS基因,其他7个基因mRNA的表达均与PTC淋巴结转移相关(P<0.01),目前尚未见ENTPD1、BHLHE40、GALNT7和TYMS这4个分子在PTC中的研究报道。结论该实验利用生物信息学方法筛出的关键基因,丰富了RET/RAS/BRAF基因驱动PTC中发挥作用的关联基因成员,为PTC的精准危险度分层拓宽有关基因变异及其分子机制探索,它们有望成为放射性碘难治性或手术不能切除PTC患者潜在的分子标志物及靶点。