桥本氏甲状腺炎差异基因筛选、分析及潜在治疗药物预测

目的通过生物信息学技术筛选出桥本氏甲状腺炎(HT)差异表达基因,对差异基因进行分析得出与HT发生及发展密切相关的基因,并通过核心基因预测潜在的HT治疗药物。方法采用GEO2R在线工具分析HT数据集GSE6339和GSE138198,获取HT差异表达基因。通过Webgestalt数据库分析差异表达基因的生物学过程、细胞成分、分子功能及富集的信号通路,通过String数据库构建HT差异表达基因蛋白互作相关作用(PPI)网络,通过Cytosccape软件MCC算法计算出差异基因中的10个核心基因,通过Genemania数据库构建核心基因分子互作网络并通过药物-基因相互作用数据库(DGIdb)预测HT潜在治疗药物。结果共筛选出74个HT差异表达基因,其中上调基因67个,下调基因7个,生物学功能和信号通路富集分析显示差异表达基因主要富集于T细胞受体复合物中参与免疫相关信号通路。通过String数据库最终得到具58个节点、342条边的PPI网络,检测发现的核心基因间具有共表达、共定位区域,核心基因主要功能为活化免疫细胞。在药物-基因相互作用数据库中发现了3个潜在治疗药物,分别是希普利珠单抗、阿法赛特、依伐利珠单抗。结论HT样本中共有74个差异表达基因;差异表达基因的功能与机体免疫功能相关;核心基因主要功能为活化免疫细胞;希普利珠单抗、阿法赛特、依伐利珠单抗是HT潜在的治疗药物。