基于分子对接及分子动力学模拟预测青黛对新型冠状病毒肺炎的干预作用

目的:基于分子对接技术及分子动力学模拟预测青黛主要有效成分靛蓝、靛玉红与2019-nCoV/ACE2复合物的结合模式,推测青黛对新型冠状病毒肺炎的干预作用。方法:从蛋白晶体结构数据库、中医药资料库获取受体晶体结构、配体小分子2D结构。采用Autodock Vina1.1.2程序进行分子对接,初步分析结合情况,并获得最佳构象。应用AmberTools18.0软件进行分子动力学模拟,完成自由能计算、氢键分析等,进一步验证结合模式。结果:数据结果显示靛蓝、靛玉红能与2019-nCoV/ACE2复合物结合,且两个体系具有相似的结合模式。结论:预测青黛可通过干预2019-nCoV/ACE2复合物对新型冠状病毒肺炎起治疗作用。