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《中国应用生理学杂志》为北京大学图书馆中文核心期刊《中文核心期刊要目总览》、中国科技论文统计源期刊(中国科技核心期刊)、中国科技引文数据库核心期刊、被美国国立医学图书馆(Medline/PubMed)、美国《史蒂芬斯全文数据库》(EBSCOhost)、美国化学文摘(CA)、荷兰《文摘与引文数据库》(Scopus)等收录。