地黄促生内生尖孢镰刀菌GG22基因组结构分析

Genomic structure analysis of plant growth-promoting endophytic Fusarium oxysporum GG22 in Rehmannia glutinosa

通过高通量测序分析1株能够促进地黄生长及次生代谢产物积累的内生尖孢镰刀菌的基因组结构,推测其内生及促生机制。使用Illumina Hiseq X ten双端测序技术对内生真菌GG22进行基因组测序,并进行生物信息学分析。分析结果,共得到17 296个预测的基因,其中基因的总长度26 937 813 bp,平均基因长度为1 557.4 bp。与KOG、KEGG、Swiss-Prot、TrEMBL、Nr及Pfam常用功能数据库进行BLAST比对,共有17 202个基因得到功能注释,注释率为99.46%,其中有3 801个基因注释到KEGG数据库中;7 431个基因注释到KOG数据库中;11 548个基因注释到Pfam数据库中;9 007个基因注释到Swissprot数据库中;17 201个基因注释到TrEMBL数据库中,且分别有881、5 247、158个基因被注释到CAZyme、PHI、TCDB数据库。基因功能分类分析发现,尖孢镰刀菌GG22的细胞运动和细胞外结构不发达,这可能是其成为地黄块根寄生内生菌的原因之一。基因簇分析得出,GG22可能能够产生碧卡维林等化合物而抑制其他微生物的生长,同时保护寄主植物免受其他病原菌的侵害,成为地黄促生内生真菌。通过对GG22基因组结构进行分析,初步获得了其内生性生物学基础,为进一步阐明其促进地黄生长及次生代谢产物积累奠定了基础。