胡萝卜YUCCA基因家族鉴定及生物信息学分析

Identification and bioinformatics analysis of YUCCA gene family in carrots ( Daucus carota var. sativa DC.)

胡萝卜是重要的根菜类蔬菜之一,根部性状影响最终的产量和品质。YUCCA基因通过介导生长素调控植物根部发育,是生长素合成途径中的关键基因。利用生物信息学方法对胡萝卜YUCCA基因家族成员进行鉴定,对其理化性质、染色体定位、系统进化树、蛋白质的二级和三级结构以及保守基序进行分析。结果表明,在胡萝卜的5条染色体上共鉴定到了14个YUCCA基因家族成员,其大部分基因含有3~4个外显子;该家族编码的蛋白质为富含碱性氨基酸的亲水性蛋白质,氨基酸数量为290~424个,其蛋白质结构主要以α-螺旋和无规则卷曲构成,通过构建系统进化树可将其分为3个亚族,且亚细胞定位结果显示,YUCCA基因家族蛋白质大部分被定位在细胞质中。这为YUCCA基因家族在调控胡萝卜根发育和膨大机制研究奠定了理论基础。