山麦冬叶绿体基因组密码子使用的偏好性

Codon Usage Bias Analysis of Chloroplast Genome in Liriope Spicata

为了分析山麦冬叶绿体基因组密码子使用偏好性及其成因,以筛选到的49条叶绿体基因为研究对象,采用Codon W软件和CUSP在线程序对核苷酸组成及对应性进行分析,应用SPSS软件进行多元统计分析。结果显示:ENC与G3、GC3相关系数分别为0.526和0.508,均呈极显著正相关(P<0.01);有30个密码子的RSCU大于1,其中以A/U结尾的密码子28个;密码子第3位上嘌呤核苷酸多于嘧啶核苷酸;确定了UUU、CUU和UCA等11个密码子为山麦冬叶绿体基因组最优密码子;山麦冬叶绿体基因组密码子使用偏好性较弱,密码子偏好性的形成主要受自然选择的影响,核苷酸组成和突变压力也起一定作用。