铅黄肠球菌CMCC(B)32220的鉴定和全基因组分析

目的应用多种方法对CMCC(B)32220鉴定和分析,了解其全基因组的分子特征。方法将待鉴定菌株CMCC(B)32220复苏培养后,依次进行形态学、全自动生化鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析、16S rRNA基因以及全基因序列测定,应用生物信息学方法分析其基因组基本特征,并预测基因功能、耐药性及致病性。结果经全自动生化和MALDI-TOF-MS鉴定分析菌株CMCC(B)32220均为铅黄肠球菌。CMCC(B)32220菌株与NCBI数据库中已发表2株代表性铅黄肠球菌16S rRNA基因序列相似度分别为99.4%和98.9%,而与不同肠球菌16S rRNA基因序列相似度为94.8%~98.7%。CMCC(B)32220染色体全基因组序列全长为3195952 bp,包含3054个基因,其中具有直系同源簇(COG)功能2453个,参与KEGG代谢通路1622个。而基于全基因组水平的平均核苷酸一致性(ANI)分析证实CMCC(B)32220菌株与已发表的铅黄肠球菌的ANI值为95.1%,而与其他3株肠球菌属不同种(屎肠球菌、鸡肠球菌和粪肠球菌)代表性菌株基因组的ANI值均小于80%。预测蛋白质同源性分析表明其基因组中编码2772个(占93.7%)铅黄肠球菌特异性蛋白质。其基因组仅含2种耐药基因,并存在5种对人潜在致病性相关蛋白质。结论应用多种不同原理方法成功系统鉴定CMCC(B)32220符合铅黄肠球菌特征,并获得其全基因组的基本特征资料,为细菌标准菌株提供更多背景数据。