骨髓增生异常综合征进展过程中核心基因的生物信息学分析

目的应用生物信息学方法分析驱动骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndrome,MDS)疾病进展过程中的核心(hub)基因。方法从GEO数据库下载MDS的表达谱数据GSE19429,利用GEO2R筛选差异表达的基因,应用WebGestalt在线数据库对其功能和通路进行富集分析,运用STRING和Cytoscape软件进行蛋白互作网络构建及功能模块分析,使用ONCOMINE数据库验证hub基因的差异表达,应用Cytohubba插件筛选hub基因。结果筛选获得33个上调基因和98个下调基因,GO功能富集分析表明上调基因显著富集于Ⅰ型干扰素诱导的信号通路及细胞对微生物的防御反应,下调DEG显著富集于免疫应答、抗原受体介导的信号通路和B细胞活化。相较于正常样本,MDS中CD19、RAG1、CD79B、CXCR4、IRF4、VPREB1、EBF1、IGLL1、RAG2的mRNA表达水平显著下调,IFITM1 mRNA表达水平显著上调。结论MDS可能存在抗原受体介导的信号通路和B细胞活化等免疫应答过程受抑制;MDS不仅髓系发育异常,且B淋巴细胞可能存在发育异常并与其免疫紊乱存在联系,增强肿瘤免疫在MDS的临床治疗中具有研究前景。