2型糖尿病患者内皮细胞基因差异表达与信号通路

目的基于2型糖尿病(T2DM)患者内皮细胞中基因芯片数据分析差异性表达基因、信号传导通路及蛋白质网络。方法从基因表达数据库(GEO)下载GSE92724数据,数据预处理后,使用R软件分析T2DM与对照组中内皮细胞差异表达基因,运用基因富集分析(GSEA)进行富集基因本体(GO)分析和通路分析,并对差异性基因行蛋白质网络分析。结果芯片数据分析显示,与正常组比较,T2DM组基因表达水平显著上调有126个基因,表达水平显著下调有651个基因(均P<0.05)。GO功能富集分析发现:T2DM差异基因表达图谱中上调表达的基因与呼吸爆发正性调节、免疫效应过程调节、体液免疫反应调节相关,下调表达的基因与表皮发育、乳腺上皮发育、乳腺发育相关。通路富集分析显示:T2DM差异基因表达图谱中上调表达的基因与类风湿关节炎、疟疾、自身免疫性甲状腺疾病相关,下调表达的基因与黑色素、癌症中蛋白多糖、基底细胞癌相关。经过STRING分析筛选出CCL20、LPAR3、LPAR1、LPAR5、NMU、PTGER3、S1PR5、CCL27、ACKR3等核心基因。结论通过生物信息学方法对GEO基因芯片数据进行分析,发现糖尿病患者内皮细胞中差异性基因的相关信号传导通路及相应的核心基因。