结直肠癌差异表达基因筛选及其与患者预后关系生物信息学分析

Screening of differentially expressed genes in colorectal cancer and bioinformatics analysis of their relationship with prognosis

目的采用生物信息分析方法探讨结直肠癌(CRC)差异表达基因及其与患者预后关系.方法GEO数据库中选取CRC患者癌组织与正常组织中差异表达基因谱数据,并对差异表达基因进行筛选.对筛选出的差异基因进行聚类并进行KEGG和蛋白相互作用网络(PPI)分析;同时对差异表达基因进行关键基因(hub)鉴定.根据鉴定的hub基因表达情况分为高低表达组,比较高低表达组CRC患者总生存(OS)和无疾病进展生存(PFS)有无差异.结果选取了GSE32323、GSE21510和GSE9348数据为研究对象.3个数据集中共差异表达的基因为23个,23个差异表达基因GO分析主要富集于DNA聚合酶活性的正向调节、核苷酸切除修复;DNA缺口填充、染色体复制叉;DNA酶活性和ATP结合等;KEGG信号通路主要富集于消化系统肿瘤、JAK-STAT信号通路和趋化因子信号通路等;23个CRC与正常肠上皮组织差异表达基PPI拓扑网络中有43个蛋白节点,75个作用关系,平均作用度为3.49,区域聚类指数为0.417.RFC5和RFC1为23个差异基因中的关键hub基因;RFC5(HR=0.60,P=0.019)和RFC1(HR=0.58,P=0.017)高表达组OS显著高于低表达组,其有统计学差异(P<0.05);而RFC5和RFC1高表达组PFS与低表达组比较,无统计学差异(P>0.05).结论RFC5和RFC1可能与CRC的发生有关,并可作为CRC预后良好的分子标志物.