肺癌相关的基因共表达网络构建研究

如今世界发病率与致死率最高的恶性肿瘤是肺癌,为了更好地了解肺癌的分子机制,提出了肺癌相关的基因共表达网络的构建方法。首先使用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)方法分析在肺癌组织和邻近正常组织中差异表达的基因,然后将差异表达的基因转化为模块和枢轴基因(Hub基因)鉴定,共获得8个模块。计算每个模块特征向量基因(模块特异性基因)和样本特征之间的皮尔逊相关系数,最终得到与肺癌高度相关的模块(蓝色模块)。蓝色模块的基因被确定为碳酸酐4,该枢转基因在模块中起重要作用。使用在线工具DAVID(注释,可视化和集成搜索数据库)在蓝色模块中执行基因功能分类(gene ontology,GO)增强和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)途径分析。GO分析表明该蓝色模块具有调节Rho蛋白信号传导,生物黏附和糖结合等生物学功能。KEGG分析表明该蓝色模块参与了轴突的诱导和O-聚糖的生物合成途径。分析表明,文章中识别高度相关的模块和关键基因在肺癌的发展中可能发挥重要作用。