一项中国幽门螺杆菌耐药基因型及菌株谱系的全基因组测序研究

A survey of Helicobacter pylori antibiotic-resistant genotypes and strain lineages by whole genome sequencing in China

幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)是胃癌Ⅰ类致癌物,根除H.pylori能显著降低胃癌的发生率和死亡率。抗生素耐药是导致H.pylori根除治疗失败的最重要因素,因此药敏指导下的个性化诊疗日益重要。为了加强对H.pylori耐药机制的了解,并寻找新的耐药基因型位点,该研究从中国幽门螺杆菌分子医学中心(CCHpMM)菌株库复苏了60株H.pylori,进行了耐药表型检测和全基因组测序(whole genome sequencing,WGS),并评价了耐药表型和基因型的一致性。结果显示克拉霉素和左氧氟沙星耐药基因型与表型几乎完全一致,Kappa系数分别为0.867和0.833。所有携带R16H/C突变和rdxA截断的H.pylori都具有甲硝唑耐药性,特异性为100%。此外,研究还发现HP0399基因的A1378G突变和FabH基因的A149G突变两个新位点,可能分别导致了四环素耐药和多药耐药性。该研究结果表明,用克拉霉素和左氧氟沙星耐药基因型检测耐药是可靠的,WGS对发现新的H.pylori耐药位点有很大帮助,并为发现H.pylori新耐药机制提供了基础。