苹果砧木T337不同组织内生菌群落及其功能预测

Endophytic microbial community analysis and function prediction in different tissue parts of apple rootstock T337

应用高通量测序技术分析苹果砧木T337根部、枝部、叶部的内生菌群落并利用PICRUSt进行功能预测。从苹果砧木T337不同部位的内生细菌中共获得的有效序列聚类为11386个操作分类单元(OTUs)。从内生真菌中获得的有效序列聚类为2718个OTUs。α-多样性分析结果表明,各指数均为根部显著高于枝部、叶部,枝部、叶部间的差异则不显著;从内生真菌多样性上看,除辛普森(Simpson)指数表现为根部、叶部显著高于枝部外,其他指数均表现为根>叶>枝。物种丰度分析结果表明,在门水平上,T337根部的最优细菌门为放线菌门(Actinobacteria),枝部、叶部的最优细菌门为变形菌门(Proteobacteria);在属水平上,T337根部、枝部、叶部最具优势的内生细菌分别为变形菌门的鞘氨醇单胞属(Sphingomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)、甲基杆菌属(Methylobacterium);根部的特有菌属最多,有187个,枝部有5个,叶部有6个。T337根部、枝部、叶部都存在大量未归类的内生细菌(占比分别为35.885%、50.185%、59.884%)。根、枝、叶3个部位最优势真菌门均为子囊菌门(Ascomycota),内生真菌优势属分别为子囊菌门的亚隔孢属(Didymella)、Knufia(尚无统一的中文名)和壳针孢属(Septoria)。根部内生真菌的特有属有121个,枝部样品的特有属有7个,叶部样品的特有属有35个。根、枝、叶中也存在大量未归类的内生真菌(占比分别为41.031%、82.036%、39.467%)。功能预测结果显示,苹果砧木T337内生细菌群落功能与植物组织部位发挥的功能一致,可为进一步挖掘与植物营养生长相关微生物提供参考。