使用GWAS和Meta-GWAS鉴定与猪甘油三酯含量相关候选基因

本实验旨在挖掘影响猪甘油三酯(TG)含量的有效SNP位点以及候选基因,为生产优良猪肉的选育工作提供理论依据。收集Beadchips 60K SNP芯片分型莱芜猪、二花脸猪和杜洛克×(长白×约克郡)(DLY)群体共1256头猪的数据,并运用FarmCPU模型对1256头猪的TG含量进行全基因组关联分析(GenomeWide AssociationStudy,GWAS)及Meta-GWAS分析。GWAS分析结果显示:共检测到32个与TG含量相关的SNP位点,其中莱芜猪中有6个(P<1.8×10^(-5)),二花脸猪中有8个(P<1.8×10^(-5)),DLY中有18个(P<1.8×10^(-5));Meta-GWAS分析结果显示:发现2个与TG含量相关的新SNP位点;并利用Ensembl数据库,在显著SNP位点上下游0.5 Mb区域内进行基因鉴定,一共发现8个与TG含量调控有关的候选基因,其中在莱芜猪中发现的基因为PDCD6IP;在二花脸猪中发现的基因为CD24、ADGRF5和ADAMTS5;在DLY中发现的基因为DMRTA1、RPS6、TPP2、TEX36。本实验结果将会为解析猪的生长发育以及调控猪的TG含量提供思路。