铁皮石斛DELLA家族基因克隆与生物信息学分析

目的:克隆铁皮石斛DELLA家族基因,获得其编码区全长序列,并对其蛋白序列进行生物信息学分析,以期检测其在不同组织部位的转录表达水平。方法:通过PCR克隆获得其基因组中DELLA家族基因序列片段;通过在线分析工具(Prot Param、SOPM、SWISS-MODEL等)及TBtools工具,对DELLA基因及其编码蛋白的理化性质、二级结构、功能域分布等进行分析;通过荧光定量检测DELLA基因家族成员在不同组织部位的表达模式。结果:克隆获得铁皮石斛4个DELLA基因。其编码区全长在1704~1944 bp之间,编码蛋白质的氨基酸数量在567~647之间,定位于细胞核,其二级结构中含有大量的α螺旋。四个蛋白中均含有DELLA、TVHYNP等典型的DELLA蛋白家族保守结构域特征。四个基因在铁皮石斛根、茎、叶、种子和原球茎中均有一定的表达,但在种子和原球茎中表达量最高。结论:克隆得到铁皮石斛4个DELLA基因。其编码蛋白具有典型DELLA蛋白的特征,四个基因在种子和原球茎中表达量较高,可能其在铁皮石斛种子的发育过程中扮演重要角色。