田螺科4种代表性贝类基因组调研及SSR特征分析

Genome survey and SSR characteristic analysis of four representative snails of Viviparidae species

田螺科贝类是淡水软体动物的重要物种,在生态方面具有重要作用,并具有较高的经济价值,但目前田螺科物种参考基因组缺乏。本研究选取田螺科中华园田螺、铜锈环棱螺、多棱角螺、湄公螺等代表性贝类,基于Illumina测序数据,对4个贝类基因组大小、重复序列和杂合度等基因组特征,采用K-mer法进行预测。使用SOAPdenove软件对4种贝类进行初步组装,用MISA进行SSR分子标记鉴定和特征分析。结果表明,4种田螺科贝类基因组大小分别为1 353、896、991、1 196 Mb,杂合度分别为0.77%、1.37%、2.41%、0.91%,重复序列比例分别为26.2%、26.7%、27.8%、28.8%,基因组的GC含量分别约为33.4%、33.7%、33.1%、33.8%。说明这4个田螺科贝类杂合较高、重复序列较低。基因组初步组装结果显示,4种贝类基因组相对K-mer评估结果偏大,但GC含量及测序深度与K-mer结果较为一致。根据SSR特征分析,在田螺科4个贝类基因组序列中分别鉴定到928 562、824 342、739 299、739 407个SSR,其中,在单核苷酸至六核苷酸重复序列类型中A/T、AC/GT、AAT/ATT、AGAT/ATCT、ATAAT/ATTAT、CTAACC/GGTTAG占比最高,其中长度为10~24 bp的SSR分别占69.7%、64.9%、68.4%、70.2%。本研究为田螺科4个代表性物种基因组精细图谱构建提供了参考,同时为SSR分子标记开发和田螺科物种资源保护和利用提供了分子依据。