农村宅基地使用权转让协议被判无效后如何处理

2005年12月,某市居民甲与X村村民乙签订《房屋买卖协议》(以下简称案涉房屋买卖协议),双方约定:(1)乙将其位于X村26号宅院(占地面积222平方米,房屋建筑面积51平方米,以下简称案涉宅基地及房屋)转让给甲,总价款3.8万元;(2)甲为改善居住条件翻盖及扩建房屋,乙负责与大队及邻居协调;(3)遇征地拆迁及政府可以办理“集体土地建设用地使用证”更名时,乙应当协助办理,拆迁补偿等收益归甲所有。协议签订当天,在村委会主任及会计等人见证下,甲一次性付清款项,乙出具收据并交付案涉宅基地的土地使用证,村委会在购房合同上加盖了公章。此后,甲居住生活在案涉宅基地及房屋内。乙出售房屋后又在村内取得另一处宅基地盖新房居住至今。