柑桔衰退病毒JY基因型在我国的发生分布及其分子特征

Occurrence and Distribution of JY Genotype Isolate of Citrus Tristeza Virus in China and Their Molecular Characteristics

柑桔衰退病毒(Citrus tristeza virus,CTV)是对柑桔产业具有毁灭性危害的病原之一。柑桔衰退病毒JY基因型(Genbank登录号为ON094625)是最近在来自湖南江永的一份道县野桔材料上获得的。为了明确JY基因型在我国的发生状况及其分子特征,对9个柑桔主产区(福建、浙江、广东、广西、湖北、重庆、四川、江西和湖南)的栽培柑桔以及4个地区[湖南的江永、宜章(莽山)和道县,江西的崇义]的野生柑桔进行JY基因型分子检测,并对分离物的ORF1b、p33、p25、p23基因进行分析。结果表明,仅在来自湖南江永自然生态中的道县野桔样品中检出JY基因型阳性样品(46个样品中检出12个JY基因型阳性样品),说明JY基因型在我国的发生分布并不广泛。ORF1b、p33、p25、p23基因序列多样性、遗传分化和分子变异分析表明,JY基因型12个分离物间核苷酸和氨基酸序列相似性(>96.8%)极高;JY基因型分离物与CTV其他基因型分离物存在明显的遗传分化,ORF1b、p33、p25、p23基因序列的平均核苷酸序列相似性分别为79.2%~92.7%、80.8%~85.9%、90.5%~93.6%、87.5%~91.8%,而平均氨基酸序列相似性分别为89.5%~98.1%、80.8%~84.4%、93.7%~97.3%、85.4%~91.6%;遗传分化系数(Fst)均明显高于0.25;JY基因型种群与其他基因型种群的差异非常大(分子变异大于43%,p值为0.001),且基因交流小(Nm=0.396)。ORF1b、p33、p25、p23基因单独及4个基因联合的系统发育分析,表明JY基因型12个分离物均与JY-2聚集在同一簇,且独立于现有CTV其他基因型之外,进一步证实JY基因型与CTV其他基因型分离物存在明显的遗传分化,可能为我国特有CTV基因型株系。