海洋弧菌Vibrio sp.ZC-1琼胶酶的结构分析

为探究β-琼胶酶AgaZC-1不同层次的结构特征,本研究基于序列信息,采用生物信息学手段对来源于海洋弧菌Vibrio sp.ZC-1的β-琼胶酶进行各级结构的预测与分析。结果表明,AgaZC-1共930 aa,理论分子量为104.80 k Da,理论等电点为4.79,无跨膜区和信号肽,稳定且亲水;二级结构以无规则卷曲为主,其次为α-螺旋和延伸链,β-折叠数目最少。AgaZC-1属于GH42家族,拥有Glyco_hydro_42、Agarase_CBM和GanA三种结构域以及10个保守基序;采用Phyre2成功构建酶蛋白3D结构并通过合理性分析。AgaZC-1是一个来自GH42家族的稳定亲水酶蛋白,以Random coil为主要二级结构并成功构建三维模型,结构分析将为后续的分子对接、分子改造及构效研究等提供信息参考。