应用基因组信息评价吉神黑猪的育种效果

本文通过应用基因组信息对吉神黑猪及其育种素材大白猪、北京黑猪进行分析,进而评价其是否达到了集育种素材优点于一身的育种目标。利用全基因组测序结合简化基因组测序及芯片数据,并进行基因型数据填补,基于过滤质控后的基因组信息进行群体遗传结构分析、群体分化指数(Fst)分析、基因渗入分析,通过这3种分析方法对吉神黑猪的育种效果进行检验,并辅以QTL映射分析和差异基因GO&KEGG注释进行验证。结果显示,经基因组测序,SNP检测和基因型数据填补得到126个个体的7452769个SNP位点的基因组数据;吉神黑猪拥有北京黑猪和大白猪各一半的血统,但更偏向北京黑猪;通过对受选择区域及基因渗入区域差异基因进行分析以及文献挖掘,得到吉神黑猪从北京黑猪显著渗入的基因ADIPOQ、LEPR、KIT等,从大白猪显著渗入的基因FASN、MYPN、PPARGC1A等。由此揭示吉神黑猪对于基因的遗传继承具有随机性,并借此暴露了缺乏基因测序等手段导致群体继代选育法在基因层面的不足,并提出运用遗传变异信息结合分子亲缘系数对于杂交后代进行深度选择的育种思路。