全基因组关联分析鉴定大白猪生长性状遗传变异及候选基因

生长性状是猪重要的经济性状之一,提升生长性状是生猪遗传改良的主要目标。为鉴定与猪生长性状显著相关的位点,筛选与猪生长性状相关的功能基因,本研究利用GeneSeek Genomic Profiler(GGP)猪50K SNP芯片对1805头大白猪百公斤日龄(Age to 100 kg,AGE)、百公斤背膘厚(Backfat Thickness to 100 kg,BF)、眼肌深度(Loin Muscle Depth,LMD)3个性状进行全基因组关联分析。结果显示,AIREMLF90软件计算AGE、BF和LMD遗传力分别是0.17、0.53和0.28,属于中高遗传力性状。AGE与BF遗传相关为-0.08,表型相关为-0.16,均为负相关关系。AGE与LMD遗传相关为-0.11,表型相关为-0.36,均为负相关关系。BF与LMD遗传相关为0.04,表型相关为0.12,均为正相关关系。AGE筛选到6个全基因组水平显著SNPs和10个染色体水平显著SNPs,BF筛选到11个全基因组水平显著SNPs和10个染色体水平显著SNPs,LMD筛选到3个全基因组水平显著SNPs和11个染色体水平显著SNPs。利用Ensembl数据库Sus Scrofa 11.1版本信息,对关联显著SNP位点上下游500 kb内编码蛋白基因进行筛查。3个性状共鉴定到MYF5、MYF6、ECHS1、ELOVL3、FGF8、CECR2、RBFOX1、PLXNA2等36个生长性状相关基因。GO和KEGG富集分析结果显示这些基因主要参与胚胎骨骼系统形态发生、骨骼发育、脂肪细胞分化调节等通路。本研究筛选到的候选位点和基因,为分子育种提供了一定的理论参考价值。