非洲猪瘟病毒B646L基因序列分析及p72蛋白质结构与细胞抗原表位预测

B646L gene sequence analysis,p72 protein structure and lymphocyte epitopes prediction of African swine fever virus

为探究非洲猪瘟病毒B646L基因序列的碱基组成特点,及预测该基因所编码的p72蛋白质结构与细胞抗原表位,利用PCR技术对非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框的序列进行扩增、测序及碱基组成分析;运用软件EXPASY、PRABI与SWISS-MODEL对p72蛋白质进行理化性质分析及二、三级结构预测;运用在线软件ABCpred Prediction、Scratch、IEDB和NetCTL对p72蛋白在B、T细胞的抗原表位进行预测。结果表明,非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框序列全长为1941 bp,其中,碱基A含量为26.9%,T含量为28.9%,G含量为24.2%及C含量为20.0%,A+T的含量为55.8%,G+C的含量为44.2%,AT含量显著高于GC含量;该序列共编码646个氨基酸,p72蛋白大小为76 ku;在整个p72蛋白分子的二、三级结构中,α-螺旋占19.35%,β-转角占5.42%,无规卷曲占50.15%,扩展链为25.08%,以无规卷曲为主要结构;该蛋白存在细胞质的概率最大,其次是细胞核,存在于线粒体、高尔基体和内质网的概率较低;p72蛋白B淋巴细胞优势抗原表位分别为12~18 aa、27~37 aa、45~55 aa、77~88 aa、110~120 aa;T淋巴细胞优势抗原表位分别为203~212 aa、298~307 aa、520~531 aa。说明非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框序列呈明显AT偏好性;p72蛋白为一亲水性蛋白,其高级结构主要以无规卷曲为主,且具有B、T淋巴细胞优势抗原表位,是检测试剂和疫苗研发的理想靶标。