劳动者与用人单位自认建立劳动关系该如何处理

劳动者陈某诉称于1994年7月至2009年9月在用人单位云南某机械厂工作,双方于1996年签订为期3年的用工协议,又于1999年和2004年各续签5年期劳动合同。机械厂未为劳动者缴纳社会保险费,陈某于2009年9月离职。用人单位对劳动者的所有证据三性无异议,认可劳动者和用人单位之间存在劳动关系的事实以及劳动关系的时间。