全国Septin9和MGMT及其他相关基因甲基化检测的应用情况分析

目的了解我国实验室开展甲基化相关肿瘤标志物检测的总体情况,调查对象为Septin9基因、MGMT基因以及其他相关基因,调查内容包括检测方法和范围、检测试剂和样本,以及分析性能等。方法国家卫生健康委临床检验中心设计Septin9基因、MGMT基因及其他相关基因甲基化检测的调查问卷,调查实验室开展检测的范围及方法、试剂及厂家、样本类型及要求、性能验证和性能确认的情况。2022年5月向全国24个省(自治区、直辖市)的125家实验室发放了调查问卷,并对回报结果进行统计分析。结果125家实验室包括68家医疗单位和57家独立医学实验室。67家实验室填写了Septin9基因,18家实验室填写了MGMT基因,54家实验室填写了其他相关基因,包括SDC2、SHOX2、RASSF1A、GSTP1、RNF180、MLH1、PAX1基因。基于PCR的方法是甲基化检测的主要手段,分别占Septin9基因、MGMT基因和其他基因甲基化检测的97.0%(65/67)、66.7%(12/18)和100.0%(54/54)。Septin9基因甲基化检测范围在启动子V2转录本CGI3区域,且涵盖3个以上CpG位点;MGMT基因甲基化检测范围在启动子DMR1和DMR2区域,涵盖4个以上CpG位点。Septin9基因甲基化检测试剂包括3种中国国家药品监督管理局(National medical products administration,NMPA)批准的商品化试剂(54/67,80.6%)和12种实验室自建试剂(Laboratory-developed tests,LDTs)(13/67,19.4%);MGMT基因甲基化检测试剂包括1种NMPA批准的试剂盒和14种LDTs,主要为实验室自建方法。97.0%(65/67)的Septin9基因甲基化检测采用血浆样本(2~10 ml);88.9%(16/18)的MGMT基因甲基化检测采用新鲜组织或福尔马林固定石蜡包埋组织切片样本(肿瘤细胞含量>10%)。有89.6%的Septin9基因甲基化检测实验室采用磁珠法以及61.1%的MGMT基因甲基化检测实验室采用离心柱法进行DNA提取。所有参与实验室均进行了DNA亚硫酸氢盐转化及纯化。有88.1%的Septin9基因甲基化检测实验室和61.1%的MGMT基因甲基化检测实验室在检测过程中使用了阴性/阳性质控品,有82.1%的Septin9基因甲基化检测实验室和72.2%的MGMT基因甲基化检测实验室做过试剂的性能验证或性能确认。98.5%的Septin9基因甲基化检测实验室的最低检出限(The limit of detection,LOD)为0.1%~10%的甲基化DNA水平或35~80pg/ml的甲基化DNA浓度;72.2%的MGMT基因甲基化检测实验室的LOD为1%~20%的甲基化DNA水平。结论我国实验室在Septin9基因和MGMT基因甲基化的检测方法及范围、检测试剂及样本方面存在差异,为了保证检测结果的准确可靠,各实验室应规范开展性能验证和性能确认工作,积极优化检测流程,进一步完善质量保证措施。