用RoseTTAFold All⁃Atom进行广义的生物分子建模与设计

深度学习方法已经彻底改变了蛋白质结构预测和设计,但目前仅限于蛋白质系统。研究人员描述了RoseT‐TAFold All Atom(RFAA),它可以将氨基酸和DNA碱基的基于残基的表示符号与所有其他基团的原子表示符号相结合,从而对给定序列和化学结构的包含蛋白质、核酸、小分子、金属和共价修饰的组件进行建模。通过对去噪任务进行微调,科学家们获得了RFdiffusionAA,它能围绕小分子构建蛋白质结构。从围绕目标小分子的氨基酸残基的随机分布开始,研究人员通过晶体学和结合测量学,设计并实验验证了与心脏病治疗药物地高辛、酶促辅因子血红素和光捕获分子bilin结合的蛋白质。