半胱氨酸转移RNA合成酶在结直肠癌中的表达及其与预后关系生信分析

目的探讨结直肠癌(CRC)中半胱氨酸转移RNA合成酶(CARS)基因表达与临床病理特征及预后的关系,为预测CRC患者预后提供依据。方法通过肿瘤细胞系百科全书(CCLE)数据集、人类蛋白质图谱数据库(HPA),验证CARS在肿瘤谱系、组织和细胞中的mRNA和蛋白表达。使用UALCAN数据库分析CRC患者CARS表达和预后的相关性,探讨在CRC中与CARS表达呈正相关的基因集。利用DAVID数据库对与CARS表达呈正相关的基因集进行GO富集分析。采用R语言中的GO plot R包绘制气泡图。运用TIMER2.0数据库分析在CRC中CARS表达与肿瘤浸润免疫细胞的相关性,包括CD4+T细胞、CD8+T细胞、B细胞、单核细胞、巨噬细胞和髓源性抑制细胞。结果CARS在CRC中的表达上调,CRC患者的CARS表达量显著高于正常人(P<0.05),且TNM分期中Ⅳ期患者的CARS表达量也明显高于Ⅰ期和Ⅱ期患者(P<0.05)。CARS表达量与性别、淋巴结状态无明显相关(P>0.05)。而伴有TP53突变患者的CARS表达也明显增高(P>0.05)。CARS高表达CRC患者的预后比低表达患者差(P<0.05)。经Ualcan数据库检索发现,CRC中共有142个基因表达与CARS呈正相关(Person-CC>0),包括GARS、TSSC4、ASNS、PSMD13和AARS等。CARS表达与B细胞和CD4+T细胞浸润呈负相关(Rho<0,P<0.05),与巨噬细胞和髓源性抑制细胞浸润呈正相关(Rho>0,P<0.05),与CD8+T细胞和单核细胞浸润无显著相关性(P>0.05)。结论CARS有助于了解CRC发生、发展的分子机制,可作为判断CRC患者预后的肿瘤标志物。