1例A(H1N1)pdm09流感重症病例感染株病毒基因组学变异特征分析

Characteristics of the genomic variation of A(H1N1)pdm09 influenza virus from a severe infected case

目的通过比较1株重症A(H1N1)pdm09流感病毒株与轻型感染株及疫苗株的病毒遗传进化和基因变异差异,探讨重症流感病毒基因组学特点。方法收集流感监测哨点医院重症流感病例和轻型流感样病例的呼吸道样本,全基因组序列测序后,通过生物信息学软件对流感病毒的遗传进化和基因变异特征进行分析。结果1株重症A(H1N1)pdm09流感病毒株与同期流行的8株轻型毒株病毒核苷酸同源性差异最大的为HA基因(97.0%~99.9%),差异最小的为PB2基因(98.9%~100.0%)。病毒株各基因片段与A/Brisbane/02/2018疫苗株同源性普遍高于与A/Michigan/45/2015疫苗株的同源性。氨基酸位点分析上,重症毒株携带有特异的氨基酸变异位点,分别位于HA蛋白K521R、NP蛋白A129S和NS蛋白L52I/S87P/M104I。在遗传进化特征上,重症毒株HA和NA基因均位于6B.1A.5a进化分支,不同于大部分轻型病毒株。重症毒株与轻型病毒株NA蛋白神经氨酸酶催化位均未发生变异。结论重症流感病毒株位于6B.1A.5a进化分支,与轻型流感病毒株进化分支不同。重症毒株在HA蛋白、NP蛋白和NS蛋白发生特异性氨基酸突变,建议应持续密切关注重症流感病毒基因变异特点。