绵羊VPS26A基因克隆、生物信息学及表达谱分析

为获得绵羊液泡蛋白分选26A(Vacuolar Protein Sorting 26A,VPS26A)基因CDS序列,确定其生物学功能,明确其在不同品种不同组织的表达差异,以新吉细毛羊和小尾寒羊为试验动物,以小尾寒羊皮肤组织cDNA为模板通过TA(T's and A's Method)克隆获得CDS区序列,并对序列进行生物信息学分析,预测其可能编码的蛋白质结构和功能;利用实时荧光定量PCR检测VPS26A基因在小尾寒羊和新吉细毛羊不同组织的表达差异。结果显示:VPS26A基因CDS序列全长为981 bp,编码327个氨基酸。绵羊VPS26A氨基酸序列与羚羊相似性最高,同源性为100%,与人的相似性最低,为99.4%;系统进化树结果显示,绵羊VPS26A与山羊和羚羊亲缘关系最近,与人和驴亲缘关系最远。VPS26A蛋白无跨膜结构域和信号肽,存在27个磷酸化位点和2个N-糖基化位点,主要分布在细胞质和核内体上。VPS26A蛋白二级结构预测结果显示,无规则卷曲、延伸链、α螺旋和β转角分别占45.87%、30.28%、18.35%和5.50%,与三级结构预测一致。实时荧光定量PCR结果显示,VPS26A基因在小尾寒羊肺脏中表达量最高,其次是皮肤,而在新吉细毛羊皮肤的表达量均最高,均显著高于其他组织。本研究为进一步阐述VPS26A基因功能奠定了基础。