支气管哮喘氧化应激相关枢纽基因和通路的生物信息学分析

目的:鉴定与支气管哮喘氧化应激相关的枢纽基因和基因通路。方法:从高通量基因表达数据库(GEO)中获得GSE43696,用R语言limma包进行差异表达基因(DEGs)的鉴定。在基因本体(GO)数据库中搜索与氧化应激相关的基因,使用DAVID数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)进行GO和信号通路分析。利用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape+cytoHubba筛选枢纽基因,并进行可视化。结果:GSE43696数据分析得到162个DEGs,GO数据库中有443个氧化应激相关基因,DEGs和氧化应激相关基因有8个交叉基因。交叉基因主要富集于氧化应激、过氧化氢代谢过程、氧化应激诱导的细胞死亡的调节、细胞对氧化应激的反应、细胞对氧化应激反应的调节等,参与主要信号通路如AGE-RAGE信号通路、脂质代谢、FoxO信号通路等。此外,NOX1、COL1A1、TPO、SOD2、PXDN和IL6可能是氧化应激的枢纽基因。