不同发育时期绵羊乳腺组织lncRNAs筛选、鉴定及功能分析

长链非编码RNA(long non-coding RNAs, lncRNAs)是一类长度大于200个核苷酸(Nucleotide,nt)的非编码RNA分子,它们的表达调控了奶牛和奶山羊的乳腺发育和泌乳性能,但它们调控绵羊乳腺发育的报道较少。为深入研究lncRNAs在绵羊乳腺发育中的作用,本试验以泌乳高峰期和空怀期小尾寒羊的乳腺组织为研究对象,利用RNA-Seq构建lncRNAs表达谱,筛选差异表达lncRNAs,进行靶基因的GO注释和KEGG通路富集分析,并构建lncRNA-miRNA-mRNA的网络互作图。结果表明,4 183个lncRNAs在绵羊乳腺组织中表达,803个lncRNAs和1 637个lncRNAs仅分别在泌乳高峰期和空怀期乳腺组织中特异性表达。在2组之间筛选到246个差异表达lncRNAs,其中28个lncRNAs在空怀期乳腺组织中上调表达,218个lncRNAs的表达量显著下调。GO注释和KEGG富集分析发现,差异表达lncRNAs的靶基因显著富集在行为负调节、脂肪垫发育和碳水化合物生物合成过程的调控等条目,以及cAMP、ECM、AMPK和Rap1等信号通路。lncRNA-miRNA-mRNA分析结果表明,差异表达lncRNAs可作为miR-199a-3p、miR-432、miR-200c等的“海绵体”,在绵羊乳腺发育中发挥作用。本研究揭示了小尾寒羊泌乳高峰期和空怀期乳腺组织中lncRNAs的表达特征及生物学功能,为深入研究lncRNAs在绵羊乳腺发育中的调控机制提供了理论依据。