电泳评级法与Nano/Qubit浓度比值法评估二代测序文库片段化时间的一致性评价

Concordance of DNA fragmentation times for next-generation sequencing library construction based on DNA electrophoresis rating method and Nano/Qubit ratio method

目的评价电泳评级法及Nano/Qubit浓度比值法在二代测序建库DNA片段化过程中超声打断时间的一致性。方法收集中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院病理科323例石蜡固定样本。分别通过DNA电泳评级法和Nano/Qubit浓度比值法确定二代测序建库DNA片段化过程中的超声打断时间,利用Kappa一致性检验对二者的一致性进行比较。结果Kappa系数表明电泳评级法与Nano/Qubit浓度比值法2种方法评估DNA超声打断时间的一致性良好(Kappa=0.540,P<0.05),但对于低质量标本,缺乏一致性:Nano/Qubit值>7.5(Kappa=0.021,P=0.751)或D级(Kappa=0.040,P=0.146)。结论电泳评级法与Nano/Qubit浓度比值评估二代测序文库DNA片段化时间的一致性良好,可以用Nano/Qubit值大致推算标本的质量,但对于Nano/Qubit值>7.5的标本,应当通过电泳评级法进行评估。