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苏山猪系谱构建和群体遗传多样性分析

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摘要 苏山猪是以大白猪和苏钟猪为亲本培育而成的新品种,因疾病流行和转群等因素影响,苏山猪群体存在遗传背景不清的问题,急需重建系谱,为苏山猪持续选种选育和推广提供依据。本研究采用18个基于短散布元件(Short Interspersed Elements,SINE)的逆转录转座子插入多态(Retrotransposon Insertion Polymorphisms,RIPs)标记在苏山猪群体进行PCR鉴定,对苏山猪进行系谱重建,以亲本群体长白猪、大白猪、二花脸猪、梅山猪为参考,进行遗传参数、遗传距离、系统发育和主成分分析,以进一步探究苏山猪的遗传多样性。基于非加权组平均法(Unweighted Pair-Group Method with Arithmetic Means,UPGMA)将苏山猪群体分为10个家系,苏山猪家系的多态信息含量(Polymorphic Information Content,PIC)范围为0.1605~0.2259,遗传分化指数(Wright'sF-statistics,Fst)的范围为0.0503~0.3848,近交系数(Wright's F-statistics,Fis)的范围为-0.3894~-0.2730,而其他亲本品种猪的PIC范围为0.0580~0.2485,Fst的范围为0.410 3~0.497 9,Fis的范围为-0.098 0~0.013 1。研究表明苏山猪群体遗传多样性丰富。此研究结果为苏山猪系谱构建和推广扩繁提供了一定的理论依据。
作者 于淼 何佳 周辰宇 李碧侠 宋成义 王宵燕
机构地区 扬州大学动物科学与技术学院 江苏省农业科学院畜牧研究所
出处 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期168-174,共7页 Chinese Journal of Animal Science
基金 江苏省国际联合研究实验室关于国内动物种质资源与遗传改良的开放项目[IJRLD-KF202215] 江苏省种业振兴计划[JBGS(2020)028]。
关键词 苏山猪 逆转座子插入多态 SINE 遗传多样性
分类号 S828.2 [农业科学—畜牧学]
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参考文献5

二级参考文献70

  • 1Burke WD, Malik HS, Rich SM, Eickbush TH. Ancient lineages of non-LTR retrotransposons in the primitive eukaryote,Giardia lamblia. Mol Biol Evol, 2002, 19(5): 619-630.
  • 2Bakre AA, Kamal Rawal, Ram Ramaswamy, Bhattacharya A, Bhattacharya S. The LINEs and SINEs of Entamoeba histolytica: comparative analysis and genomic distribution Exp Parasitol, 2005, 110 (3): 207-213.
  • 3Mandal PK, Rawal K, Ramaswamy R, Bhattacharya A, Bhattacharya S. Identification of insertion hot spots for non-LTR retrotransposons: computational and biochemical application to Entamoeba histolytica. Nucleic Acids Res, 2006, 34(20): 5752-5763.
  • 4Harony H, Bernes S, Siman-Tov R, Ankri S. DNA methylation and targeting of LINE retrotransposons in Entamoeba histolytica and Entamoeba invadens. Mol Biochem Parasitol, 2006, 147(1): 55-63.
  • 5Pritham EJ, Feschotte C, Wessler SR. Unexpected diversity and differential success of DNA transposons in four species of Entamoeba protozoans. Mol Biol Evol, 2005, 22(9): 1751-1763.
  • 6Glockner G, Szafransk K, Winckler T, Dingermann T, Quail MA, Cox E, Eichinger L, Noegel AA, Rosenthal A. The complex repeats of Dictyostelium discoideum. Genome Res, 2001, 11 (4): 585-594.
  • 7Eichinger L, Pachebat JA, Glockner G, Rajandream MA, Sucgang R, Berriman M, Song J, Olsen R, Szafranski K, Xu Q, Tunggall B, Kummerfeld S, Madera M, Konfortov BA, Rivero F, Bankier AT, Lehmann R, Hamlin N, Davies R, Gaudet P, Fey P, Pilcher K, Chen G., Saunders D, Sodergren E, Davis P, Kerhornou A, Nie X, Hall N, Farbrother P, Desany B, Just E, Morio T, Rost R, Tivey A, Sugano S, White B, Walker D, Woodward J, Winckler T, Tanaka Y, Shaulsky G, Schleicher M, Weinstock G, Loomis WF, Platzer M, Kay RR, Williams J, Dear PH, Noege AA,Barrell B, Kuspa A. The genome of the social amoeba Dictyostelium discoideum. Nature, 2005, 435(4038): 43-57.
  • 8Poulter RTM, Goodwin TJD. DIRS-1 and the other tyrosine recombinase retrotransposons, Cytogenet Genome Res, 2005, 110: 575-588.
  • 9Silva JC, Bastida F, Bidwell SL, Johnson PJ, Carlton JM. A potentially functional mariner transposable element in the protist Trichomonas vaginalis. Mol Biol Evol, 2005,22(1):126-134.
  • 10Carlton JM, Hirt RE Silva JC, Delcher AL, Schatz M, Zhao Qi, Wortman JR, Bidwell SL, Alsmark UCM, Besteiro S, Sicheritz'-P'onten T, Noel C J, Dacks JB, Foster PG, Simillion C, Peer YV, Miranda SD, Barton GJ, Westrop GD, MUller S, Dessi D, Fiori PL, Ren Qh, Paulsen I, Zhang H, Bastida-Corcuera FD, Brown MT, Hayes RD, Mukherjee M, Okumura CY, Schneider R, Smith AJ, Vanacova S, Villalvaz M, Haas B J, Pertea M, Feldblyum TV, Utterback TR, Shu CL, Osoegawa K, Embley TM, Coombs GH,Mottram JC, Tachezy J, Fraser-Liggett CM, Johnson PJ. Draft genome sequence of the sexually transmitted pathogen Trichomonas vaginalis. Science, 2007, 315 (5809): 207-211.

共引文献16

中国畜牧杂志
2024年 第8期

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