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一种基于能量的RNA二级结构预测的动态划分算法 被引量：2

AN ENERGY BASED DYNAMIC PATITIONING ALGORITYM FOR RNA SECONDARY STRUCTURE PREDICTION
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摘要 预测单链RNA分子序列的二级结构是计算生物学中的一个重要内容.本文基于RNA分子结构的稳定性原理.提出了一种预测RNA二级结构的新算法——基于能量的动态划分算法.该算法的空间复杂度仅为O(n),时间复杂度近似为O(n2·logn),且预测结构有较好的精度. Predicting of RNA secondary structure from linear RNA sequence is an important content in computational biology. Based on the structural stablity principle of RNA molecules, a new prediction algorithm-energy based dynamic patitioning algorithm for RNA secondary structure is presented. The space complexity of the algorithm is only O(n) while the time complexity approximates to O(n2 ?logn).
作者 高琼 莫忠息 郑卓
机构地区 武汉大学数学与统计学院 武汉大学电信学院
出处 《数学杂志》 CSCD 北大核心 2003年第1期43-48,共6页 Journal of Mathematics
基金 武汉大学自强创新科研基金资助项目
关键词 能量 RNA 二级结构 预测 动态划分算法 茎区 自由能 RNA secondary structure dynamic patitioning algorithm stem free energy
分类号 Q522 [生物学—生物化学] O221.3 [理学—运筹学与控制论]
  • 相关文献

参考文献9

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二级参考文献4

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共引文献2

同被引文献24

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引证文献2

二级引证文献12

数学杂志
2003年 第1期

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