锦鲤疱疹病毒-CJ株ORF108基因的克隆及生物信息学分析

为研究我国锦鲤疱疹病毒的基因背景信息,从锦鲤疱疹病毒中国吉林株(KHV-CJ株)获得ORF108基因,应用生物信息学方法分析KHV-CJ株ORF108基因结构和功能。结果显示,ORF108基因长588bp,为一完整的开放阅读框,编码196个氨基酸,理论分子质量为21207.37Da。KHV-CJ株与美国株(KHV-U)的ORF108基因的序列一致性为99%,在第564位的碱基A突变为G。但该突变位置编码的氨基酸并没有发生改变,同为丝氨酸。ORF108基因编码蛋白的1-61位氨基酸位于细胞膜表面,62-84位氨基酸之间形成一个典型的跨膜螺旋区。该蛋白的表面抗原决定簇位点区域广泛、峰值高,预示该基因可作为基因工程疫苗的重要候选基因。