摘要
使用分子力学、分子动态学以及量子化学计算方法，对天然的昆虫抗冻蛋白质分子(TmAFP)以长轴平行的方式发生二体相互作用的可能模式进行了系统研究．分子模拟的结果表明，在可能的相互作用模式中，其相互作用区域必须至少包含一个β-面，并且当蛋白单体均取β-面靠近时，其侧链上的羟基在空间的分布满足结构上的二维匹配；利用分子力学与量子化学相结合的方法得到的结果表明两单体的β-面之间具有相对最强的相互作用，同时，高级别的DFT计算以及van der Waals键电荷密度分析进一步证实β-面的相互识别主要表现为β-面的一个苏氨酸侧链的羟基对另一个的苏氨酸羟基氧的识别，即它们之间能形成较强的氢键．因此，分子力学以及量子化学的计算结果都说明蛋白单体在相互识别的过程中，均以β-面相互作用的可能性最大．
出处
《中国科学（B辑）》
CSCD
北大核心
2003年第4期347-353,共7页
Science in China(Series B)
基金
国家自然科学基金(批准号:20271009
2023010
29992590-1)
国家重点基础研究发展计划(批准号:G2000078100)
教育部重点基金
回国人员基金资助项目
