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蛋白复合物与相互作用谱和表达谱的相关性分析 被引量：1

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摘要 蛋白相互作用是指细胞内蛋白-蛋白间的物理相互作用,通过酵母双杂交系统和基于质谱的蛋白吸附沉淀技术,在酵母细胞中获得了大规模的蛋白相互作用数据.收集了文献报道的共2617个酵母蛋白的11855条相互作用.通过分析酵母细胞的大规模基因表达谱数据,获得不同基因间表达的相关性.蛋白复合物数据也可以获得,并能转换成蛋白两两关系数据.综合分析蛋白复合物、蛋白相互作用数据和基因表达数据可以发现三者之间的相关性.结果显示,有相互作用或表达谱相似的蛋白都比随机抽取的蛋白同属一蛋白复合物的几率高;并且,有相互作用且表达谱相似的蛋白同属一蛋白复合物的几率更高.这一研究表明,对现有的大规模蛋白复合物数据、蛋白相互作用数据和基因表达谱数据进行整合、分析,可以揭示它们之间的关联性,并且有助于获得这些数据蕴含的公共信息.这种研究方法对于其他的大规模数据,如蛋白组数据、表达谱数据、蛋白的细胞定位数据和表型数据的综合分析有很好的借鉴意义.
作者 蔡伦 薛宏 卢宏超 赵屹 朱小蓬 卜东波 凌伦奖 陈润生
机构地区 中国科学院计算技术研究所 中国科学院生物物理研究所
出处 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2003年第18期1944-1948,共5页 Chinese Science Bulletin
基金 国家高技术研究发展计划重大专项(批准号:2002AA231031) 国家重点基础研究发展规划资助项目(批准号:2002CB713805) 中国科学院知识创新工程项目(批准号:KSCX2-2-07) 北京市科学技术委员会基金(批准号:H010210010113,H020220030130) 中国科学院计算研究所生物信息处理课题资助项目(批准号:20016200C).
关键词 蛋白复合物 细胞 相互作用谱 表达谱 相关性 基因
分类号 Q51 [生物学—生物化学]
  • 相关文献

参考文献17

  • 1Clark T A, Sugnet C W, Manuel A J. Genomewide analysis of mRNA processing in yeast using splicing-specific microarrays.Science, 2002, 296(5569): 907,-.910.
  • 2Maslov S, Sneppen K. Specificity and stability in topology of protein networks. Science, 2002, 296:910-913.
  • 3Fraser H B, Hirsh A E, Steinmetz L M, et al. Evolutionary rate in the protein interaction network. Science, 2002, 296:750-752.
  • 4Mewes H W, Frishman D, Giildener U, et al. MIPS: a database for genomes and protein sequences. Nucleic Acids Res, 2002, 30:31 -34.
  • 5Bader G D, Donaldson 1, Wolting C, et al. BIND - the biomolecular interaction network database. Nucleic Acids Res,2001, 29(1): 242-245.
  • 6Ge H, Liu Z, Church G M, et al. Correlation between transcriptome and interactome mapping data from Saccharomyces cerevisiae. Nature Genet, 2001, 29:482,-486.
  • 7Mrowka R, Liebermeister W, Holste D. Does mapping reveal correlation between gene expression and protein-protein interaction?Nature Genet, 2003, 33(I): 15-16.
  • 8Eisen M B, Spellman P T, Brown P O, et al. Cluster analysis and display of genome-wide expression patterns. Prnc Natl Acad Sci USA, 1998, 95(25): 14863-14868.
  • 9Cho R J, Campbell M, Winzeler E, et al. A genome-wide transcriptional analysis of the mitotic cell cycle. Mol Cell, 1998, 2:65 -73.
  • 10Hughes T R, Matron M J, Jones A R, et al. Functional discovery via a compendium of expression profiles. Cell, 2000, 102: 109-126.

同被引文献24

  • 1Novak B, Tyson J. Modeling the control of DNA replication in fission yeast. Proc Natl Acad Sci USA, 1997, 94: 9147～9152.
  • 2Martin-Castellanos C, Blanco M A, de Prada J M, et al. The Puc1 cyclin regulates the G1 phase of the fission yeast cell cycle in response to cell size. Mol Biol Cell, 2000, 11: 543～554.
  • 3Blanco M A, Sanchez-Diaz A, Prada J M, et al. APCste9/srw1 promotes degradation of mitotic cyclins in G1 and is inhibited by Cdc2 phosphorylation. EMBO J, 2000, 19(15): 3945～3955.
  • 4Jaime C B, Gulli M P, Nurse P. p25rum1 promotes proteolysis of the mitotic B-cyclin p56cdc13 during G1 of the fission yeast cell cycle. EMBO J, 1997, 16 (15): 4657～4664.
  • 5Zarzov P, Decottignies A, Baldacci G, et al. G1/S CDK is inhibited to restrain mitotic onset when DNA replication is blocked in fission yeast. EMBO J, 2002, 21(13): 3370～3376.
  • 6Mondesert O, McGowan C H, Russell P. Cig2, a B-type cyclin, promotes the onset of S in Schizosaccharomyces pombe. Mol Cell Biol, 1996, 16: 1527～1533.
  • 7Moser B A, Russell P. Cell cycle regulation in Schizosaccharomyces pombe. Curr Opin Microbiol, 2000, 3: 631～636.
  • 8Forsburg S L, Nurse P. Analysis of the Schizosaccharomyces pombe cyclin puc1: Evidence for a role in cell cycle exit. J Cell Sci, 1994, 107: 601～613.
  • 9Benito J, Martín-Castellanos C, Moreno S. Regulation of the G1 phase of the cell cycle by periodic stabilization and degradation of the p25rum1 CDK inhibitor. EMBO J, 1998, 17(2): 482～497.
  • 10Rupe? I. Checking cell size in yeast. Trends Genet, 2002, 18(9): 479～487.

引证文献1

二级引证文献1

科学通报
2003年 第18期

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